PPP项目建设期一般由项目公司招标选择施工单位,或者直接与具有相关资质和能力的社会资本方签订工程承包合同,项目完成后由施工单位向项目公司开具增值税专用发票,该专用发票上的增值税金为项目公司的进项税额。对于工程量较大的PPP项目,如公路、综合管廊、铁路、综合开发等项目,由于建设投资较大,加上建筑业增值税率为11%,可能会产生两个问题:一是增值税进项税额较大产生的资金成本对企业造成较大损失,二是增值税进项税额在项目合作结束时仍不能完全抵扣的问题。

　　资金成本问题。对于建设投资额较大的PPP项目,增值税进项税额较高,项目公司在建设期内均不会有运营收入,也不会产生相应的增值税销项税额,前期支付的进项税额较高、后期增值税销项抵扣时间较长将直接影响社会资本方的资金占用成本。

　　抵扣不足问题。由于PPP项目增值税进项税额较大、进项税率和销项税率一般并不相同等原因,在项目合作期间可能存在增值税进项不能全部抵扣的问题。如,建筑业增值税率为11%,政府付费类项目销项税率按照6%计算,就可能产生上述问题,特别是对于免征增值税的PPP项目,进项税额不能抵扣的问题更加显著,需要相关部门明确处理方法。